自动化公司注册后，首先需要向当地工商行政管理部门申请工商营业执照。这是合法经营的必备证照，涉及公司的名称、注册资本、法定代表人等信息。通常，申请人需要提供公司的基本信息和相关文件，如公司章程、法人身份证明等。
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此外，根据公司所在地的具体要求，可能需要额外的许可证或证照。例如，一些地区可能对特定行业的自动化公司需要申请特殊行业许可证，以确保公司的经营活动符合相关法规。
另外，公司如果有涉外业务，还需要向相关部门申请外商投资企业批准证书，以便合法开展对外贸易活动。
税务登记是自动化公司注册后的另一个重要步骤。申请人需要向当地税务部门提交相关申请，完成税务登记手续。税务登记包括增值税、企业所得税等税种的登记。
在税务登记过程中，申请人需要提供公司的基本信息，如营业执照、法定代表人身份证明等。税务部门会根据公司的经营范围和规模确定相应的税务登记类型，并颁发税务登记证书。
税务登记完成后，公司才能依法开具发票，参与正常的商业活动。
自动化公司注册后，如果涉及生产、销售或者进口自动化产品，就需要向质量监督管理部门申请产品质量认证或者产品合格证。这是确保产品符合相关质量标准和安全要求的重要证明。
申请产品质量认证通常需要提交产品样品、技术资料等相关材料，接受质量监督管理部门的检测和评估。只有通过了质量认证，公司的产品才能合法生产、销售或者进口，并在市场上流通。
在自动化领域，知识产权的保护至关重要。自动化公司注册后，如果拥有自主研发的技术或者产品，就需要考虑向知识产权管理部门申请专利、商标等知识产权保护。
申请专利保护可以有效防止他人抄袭或者侵权，保障公司的创新成果。而商标注册则能够确保公司的品牌在市场上的独立性和可识别性。
此外，对于公司的商业秘密和机密技术，也需要加强内部管理，以防泄密或者不当使用。
自动化公司注册后，如果涉及生产活动，就需要向环境保护部门申请环境影响评价报告或者环境保护许可证。这是确保公司生产活动对环境没有不良影响的重要手续。
申请环境影响评价报告需要提交相关资料，如生产工艺流程、废水、废气排放情况等。环境保护部门会对公司的生产活动进行评估，确保其符合环保法规和标准。
同时，公司还需要建立健全的环境管理体系，加强环保宣传教育，提高员工的环保意识，积极履行社会责任。
自动化公司注册后，需要向人力资源和社会保障部门申请劳动用工许可证或者劳动合同备案等相关证照。这是保障员工合法权益，维护劳动关系稳定的重要措施。
申请劳动用工许可证需要提交公司的招聘计划、员工身份证明等相关材料。劳动合同备案则需要将公司与员工签订的劳动合同备案到人力资源和社会保障部门。
此外，公司还需要按照相关法律法规规定，为员工购买社会保险，确保员工在工作期间的权益和福利。
综上所述，自动化公司注册后需要向多个部门申请许可证或证照，包括工商行政管理部门、税务部门、质量监督管理部门、知识产权管理部门、环境保护部门以及人力资源和社会保障部门等。这些证照的申请是公司合法经营和健康发展的基础，也是履行社会责任、维护公共利益的重要举措。